1861年，咸丰在承德病逝后，由咸丰与叶赫那拉氏的独生子载淳即位，年号是同治。同治生于咸丰六年（1856），因为同治即位时只有6岁，所以咸丰任命八大臣为顾命大臣，辅助同治。同时又赐予两宫太后慈禧和慈安两颗印章，以牵制八大臣。
慈禧(1835～1908)，清咸丰帝之妃。原名那拉氏，祖居叶赫(今四平附近)，故称叶赫那拉。清史上说她是满洲镶蓝旗人。父惠征，曾任安徽徽宁池广太道道员。咸丰十二年(1852)，被选入宫，封兰贵人。1856年，生皇长子载淳。次年，封懿贵妃。在宫中的地位仅次于皇后钮钴禄氏。1860年，英法联军进逼北京时，她随咸丰帝逃往承德避暑山庄。咸丰帝病死，六岁的载淳继位，她和钮钴禄氏被尊为皇太后，徽号慈禧、慈安，俗称分别为西太后、东太后。
同治即位时，朝中势力分为三股：顾命大臣势力，帝胤势力(皇室宗亲)和帝后势力，而以太后慈禧为首的帝后势力占有相对优势。慈禧在同治即位当年，就联合帝胤势力，发动了宫廷政变，将顾命大臣杀的杀，革职的革职，彻底摧毁了顾命大臣势力。史称「辛酉政变」。同时任命帝胤势力中的恭亲王奕欣为议政王，在军机处行走，大学士桂良、户部尚书沈兆霖、侍郎宝鋆、文祥并为军机大臣，鸿胪寺少卿曹毓瑛在军机大臣上学习行走等。「辛酉政变」后，清朝统治体系发生了一些改变，即由议政王奕欣总揽朝政，两宫太后垂帘听政，并最后裁定。不过发展到后来，逐渐演变为慈禧独揽朝政的局面，而18岁开始亲政的同治也不过是个傀儡皇帝。
此后，慈禧垂帘听政长达50年，成为同治光绪两朝的实际最高统治者，并影响了晚清乃至中国这50年的历史进程。
同治时期，清朝社会动荡加剧，国内不仅有太平天国和义和团运动，同时还面临着如何应对与他国的冲突。
1860年第二次鸦片战争的失败，使中国闭关自守局面完全终结。清政府不得不承认「天朝」与外邦是平等的国与国的关系，同时也认识到了西方军事技术上的先进。另一方面，在镇压太平天国起义中，清政府重用了曾国藩，李鸿章等汉族士大夫，他们势力的崛起削弱了满洲人的统治。
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