康熙即位之时，清朝处于虽然建立，但国家正百废待兴的局面。而康熙虽然当了皇帝，但因为年幼，国家大事的决断基本掌握在四位辅政大臣手中。这四位辅政大臣，索尼居首位，总掌启奏批红等大权，但年老力衰。排在第二位的苏克萨哈富有才干，但与鳌拜不和。其后的遏必隆则为人圆滑，不与人争锋。对权力最有野心的是鳌拜。为了在索尼退下之后掌控朝政，鳌拜一方面拉拢遏必隆，一方面借圈地事件打击苏克萨哈。在处理朝政时，鳌拜十分专横，根本不将康熙帝放在眼中。
聪明的康熙以退为进，在祖母的支持和帮助下，一方面避免与鳌拜发生正面冲突，一方面韬光养晦，专心学习治世本领，并寻找适当时机剪除鳌拜。
1667年6月，索尼去世。十二岁的康熙决心废除四大臣辅政体制，实行亲政。7月，实行亲政大典。不过，康熙虽然亲政，但原有辅政体制却未能发生变化。为了使康熙能够及早亲政，并迫使遏必隆和鳌拜也交出权力，苏克萨哈在康熙亲政第六天上书请求退隐。在康熙尚未做出反应之际，鳌拜罗织了24条罪状陷害苏克萨哈，并强迫康熙将其处死。清除了苏克萨哈后，鳌拜更加肆无忌惮，朝廷所有政事，均由其决断；对于康熙帝的有些诏令，他也敢公开抗旨。这些使康熙意识到该是剪除鳌拜的时候了。康熙考虑到鳌拜亲信党羽遍布朝野，所以决定设计将其铲除。
康熙一方面在表面上麻痹鳌拜，一方面选择一群身强力壮的少年练习扑击之术。1669年5月，康熙决定采取行动。他首先将鳌拜的党羽以各种名义派出，削弱鳌拜的势力，然后派人将鳌拜召入宫中擒获。鳌拜的党羽在此之后也被一一擒拿。
在对待鳌拜的处理上，再次显示了康熙的睿智。他下诏说：「鳌拜愚悖无知，诚合夷族。特念效力年久，迭立战功，贷其死，籍贯没拘禁。」也就是说，鳌拜因立过许多战功，所以免于一死而终身监禁。对于其党羽也给予了不同的处罚。同时恢复了苏克萨哈的职位。这种措施稳定了朝局。
康熙剪除鳌拜后，废除了辅政体制，收回了朱批大权。自此才真正开始了亲政。
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