元代的医药学在发展中国传统医学上取得了很大的成绩，在骨科、伤寒科、营养学、针灸学等方面有很多成就。
危亦林（1277年～1347年），江西南丰人，因家世业医，积数代经验，写成《世医得效方》十九卷，于1345年刊行，内容十分丰富，其中关于麻醉药物的使用记录，是现在世界上已知的全身麻醉的最早文献。
中医金元四大家之一的朱震亨，是浙江义乌人，号丹溪，着有《格致余论》、《局方发挥》等书，主张临症时用药要灵活，“因病以制方”，反对当时医生们泥守“局方”的作法。其学说传入日本，形成日本汉医中的丹溪学派。
元代饮膳太医忽思慧编着的《饮膳正要》三卷，是一部讲究营养与食疗的着作，对养生、避忌、妊娠、食忌、高营养烹调、营养疗法、食物卫生等都有论述，记录了中国各民族在烹调方面的宝贵经验。
在元代，由于国内外交通的发达和对外关系的发展，促使各民族间和各国间的医药经验得到广泛交流。如1270年，新型医疗机构广惠司的设置，就是阿拉伯式医院组织的移植。1292年在大都和上都设立了回回药物院，并译出《回回药方》等医药专书，使回族的一些医药经验得以交流。同时，中国的医药也传入阿拉伯及亚非许多地区。
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