听说前秦的苻坚率领大军南下，宰相谢安沉着冷静，他派弟弟谢石为大都督，兄子谢玄为前锋，率八万北府兵迎战；另派水军五千增援寿春。
十月，前秦先锋苻融攻占寿春，一面攻打硖石，一面派梁成等五万人进驻洛涧（安徽定远西），封锁淮水，阻挡晋军前进。晋军被阻，在距洛涧二十五里的地方驻扎。当苻竖得知晋军先锋缺乏粮草的情况后，便亲率精骑八千，兼程赶往寿春，并派俘虏的晋将朱序到晋营威胁谢石投降。
朱序见到谢石后告诉了秦军的虚实，并劝谢石乘前秦大军未到，挫其锐气，争取全胜。谢石采纳了朱序的建议，派名将刘牢之率精兵五千渡河夜袭洛涧，歼灭秦军一万五千。谢石等又率大军沿淮水前进，到淝水东岸与秦军隔河对峙。
苻坚听说晋军攻到，便与苻融登寿春城观看形势，见晋军部伍严整，又望八公山（安徽寿春北）上的草木，以为皆是晋兵，不免有些惊恐。晋军逼淝水立阵，谢玄派人要求苻融把阵地后移，以便晋军渡河决战，苻坚企图在晋军半渡时发动突然袭击，便挥军后撤。不料队伍因此大乱，朱序又在阵后连呼苻坚败了，于是秦军一退不可复止。
晋军乘胜追击，秦军死者众多。苻坚为流矢所中，单骑逃回淮北，及到洛阳，检点余众，不过十余万人。
淝水之战是前秦企图统一全国的一次战争，也是东晋以少胜多取得胜利之战。
淝水之战后，南方由于东晋的胜利，避免了一场混乱和破坏，经济文化得以继续发展；而北方重新分裂。南北长期对峙的局面形成。
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