公元前138年，南方的闽越围攻东瓯，东瓯向朝廷求救。武帝立即派军队渡海前往救援，迫使闽越解围撤回。东瓯人怕汉军撤退后闽越会卷土重来，便迁徙到长江和淮河之间的地区。
三年后，闽越王郢进攻南越。武帝在接到南越报告后，派兵救援。闽越王的弟弟余善杀了郢，向汉军投降。由于汉军无法久驻，武帝还是保留了闽越国，立余善为王。但余善依然反覆无常，因此到公元前111年，汉朝灭南越后，武帝派兵攻占了闽越，余善被部下所杀，闽越人大部分被迁往江淮之间，当地几乎成了无人区。直到西汉后期，遗留下来的越人逐渐增加，才重新在今天的福州恢复了冶县，以今天浙江台州市椒江区一带设立了回浦县，隶属于会稽郡（治所在吴县，今江苏苏州市）。
为了向西南开拓，大约在公元前130年，武帝征发巴、蜀二郡（约相当今四川东、中部）的士兵从僰道（今四川宜宾市西南安边场）向牂柯江（今北盘江和红水河）筑路，并新设了一个犍为郡，治所就设在僰道。在这种情况下，“西夷”的邛（今四川西昌市一带）、笮（今四川盐源县一带）的首领请求归属，汉朝在那一带新设了十几个县。但由于筑路工程非常艰巨，加上汉朝正忙于对付匈奴，一度曾取消了部分新设的县。公元前122年，汉朝恢复了对“西南夷”的开拓。几年间，川西高原和云贵高原上的部族如邛都、笮都、冉駹、白马、且兰、夜郎等都已纳入汉朝的统治，武帝在这些部族的地区新置了五郡。公元前109年，又在滇和昆明这两个部族的地区建立了益州郡（治所在今云南晋宁县东），汉朝的西南边界扩展到今云南高黎贡山和哀牢山一线。
对岭南的统一也已是大势所趋。公元前111年，武帝派兵灭了南越和闽越，并分别设置了郡县。
自此，武帝对南方的拓展结束，重新确立了汉朝南部的疆域。
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