清朝就这样开始了对中国的统治。但明朝的遗臣首先拥立神宗的孙子福王，试图进行抵抗。可是他们步调不齐，在南京失陷、福王被俘之后，接连地拥立了唐王、鲁王、桂王等，逐渐被追逼到边远地区。清顺治十八年(1661年)，流亡缅甸的桂王(永明王)政权覆灭之后，明王朝终于在形式上也灭亡了。
清世祖死后，以英明而闻名的圣祖康熙帝即位。 另一方面，在日本，以庆长五年的关原之战为转折点，霸业由丰臣氏而转入德川氏手中，元和元年大阪夏季战役招致丰臣氏的灭亡，从而巩固地建立了德川幕府对全国的统治。第二年，家康死去，经过秀忠至其孙家光执政时，彻底施行锁国令，幕藩体制的基础日益巩固。明清交替时期正好是家光当政的时代。
日本正保三年，郑芝龙派遣的正使黄征明从福州向日本出航。但途中遇到暴风，船只飘散，其中有的刮回大陆，为清军所捕获。黄征明本人也身阻海上，不得已而重整小船，重新派遣陈必胜、黄征兰二人为使者，据说他们到达长崎是九月初。
使者带来郑芝龙的书信总共八封，其中致日本的正京天皇两封，将军三封，长崎王(长崎奉行)三封。根据林春斋的《华夷变态》记载，给正京天皇的一封信的内容是这样(郑芝龙的原信未传，这是林春斋根据其父林罗山列席幕府会议讨论时的回忆而写的)：“……附隆武皇帝(唐王)之赦旨，引周之彭濮、唐之回鹘之事，意在求借劲兵也。前云借兵五千，今欲更多，以战胜敌兵。”并带来许多礼品，要求派遣强大的援军。
关于“……前云借兵五千，……”，我准备以后再谈。据说幕府接到这些书信后，以老中们为中心，反复地讨论了数天，当时“尾张和纪伊的两位大纳言和水户中纳言”所谓御三家也来到江户，发表了意见。看来是但是极为重大的事件，慎重地予以对待。
其结果，据林信笃的《宽永小说》说，御三家均赞成出兵，“据云尾张大人云：‘三人中，吾居长，应派吾为主将。’自己要求出阵。反对的仅有井伊直孝，他反驳说，御三家的意见有一定道理，是可以信赖的，‘但，……关于求援事，吾以为不会立任何功劳，亦无益之至。’结果大家认为井伊直孝言之有理，取消了派遣援军。”
不过，据《南龙公谱略》说：“赖宣卿云：国家出援兵，无功则不仅为本邦之耻，且长期与外国结仇，成为永世之害;如我兵有功，得其地亦荒其田，于国无益，反招后世之弊，不可从其请。……”由此看来，反对的不是井伊直孝，而是御三家中的一家–纪伊的德川赖宣，情况略有出入。
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