晋穆帝司马聃，字彭子，生于建元元年（343年），是晋康帝司马岳的长子，母亲为皇后褚蒜子。建元二年（344年）九月二十四日，晋康帝将儿子司马聃立为皇太子。
晋康帝司马岳在位期间，政治局势动荡不安。公元344年，晋康帝去世，年仅两岁的太子司马聃即位，尊母亲皇后褚蒜子为皇太后，并由褚太后临朝摄政。永和二年（346年）正月己卯日，何充去世，二月癸丑日，由司徒蔡谟与会稽王司马昱辅政。此后赵石虎病死，中原大乱。
晋穆帝在位期间，东晋朝廷先后令褚裒、殷浩北伐，均未成功。永和十年（354年），太尉、征西将军桓温北伐关中，大败前秦。桓温还消灭了在四川立国的成汉，并且于356年夺回洛阳，虽然不久就因为粮运不继而撤退，东晋的版图仍然有所扩大。
然而，晋穆帝司马聃英年早逝，他在升平五年（361年）五月丁巳日因病去世，享年十九岁。他死后，谥号穆皇帝，庙号孝宗，安葬于永平陵（今江苏江宁西北幕府山南）。
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