秦始皇陵至今仍有很多未解之谜。例如，“九层妖塔”之说，即指秦始皇陵的封土台九层夯土似乎暗合了“九层妖塔”之说；而兵马俑军团原型的秦京师军失踪的问题，以及“兵马俑”杀死项羽的传说，也是令人困惑不解的话题。
秦始皇陵地宫是一个同等规模的“倒金字塔”，而封土台九层夯土则似乎暗合了“九层妖塔”之说。此外，秦始皇陵的地宫中还放置了大量的钱币，这些钱币可能是铜币，但也可能是银币。另外，秦始皇陵还出土了一具2200年前具备“欧亚西部特征”的人类遗骸，死者生前是修建秦始皇陵的劳工。
尽管如此，对于这些未解之谜，我们的科学知识仍然有限，因此还需要更多的研究和探索。
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