张芹，字文林，峡江人。弘治十五年中进士。授予福州推官一职。明武宗正德年间，皇帝让他担任南京御史。
宁夏乱平之后，大学士李东阳被擢升官职，且他的儿子也连带受到荫庇得官。
张芹上疏反对说：“李东阳的确是谨慎敦厚，但他不够正直；他的儒雅风度很受人敬重，但节操品行却没没无闻。当叛贼刘瑾滋扰朝政时，李东阳作为先帝临终受托之人，却不能从一开始就遏制刘瑾，等到刘瑾恶行明显表露时，又不能努力与他抗衡。只是一味的圆滑顺从，任凭指使。如今叛贼已被平定，李东阳到底出过什么力呢？他贡献过什么吗？这样假冒功勋而来接受赏赐的人，怎能叫人信服呢？我在此请求皇上立刻把李东阳罢免，取回对他的恩赐，以使那些事君不忠的大臣们有所警惕啊！”
疏章才送出来，李东阳就流泪哭泣，无法替自己的行为作辩解。但是明武宗看了疏章之后，反而责备张芹沽名钓誉。张芹只好自我请罪，并被罚停止薪俸三个月。
给事中窦明因某事进谏皇帝而入狱，张芹上疏救援他。皇帝曾因骑快马而受伤，编修官王思诚恳进谏劝告皇帝，却被贬到边远地区戍守。张芹说：“王思不是谏议官尚且能如此尽忠直言，我辈怎可坐视不管！”
于是他给皇帝上疏说：“孟子云‘打猎会让人不知疲倦，因此而导致身体损害’。老子也说‘打猎驰骋，会使人心发狂’。人心发狂，则就会荒废志向，什么重要事都会被遗忘。既然孟子、老子都说沉溺打猎没有什么好处，那皇帝您还忽视您作为天子之尊，而让自己置身于危险境地，万一有什么三长短，皇子尚未诞生，那皇位没有继承人该怎么办？！”皇帝听了，根本不采纳他的谏言。
不久，张芹被外放去当徽州知府。其时正当宁王宸濠造反，谏议官因考虑张芹的家在江西，怕叛贼会劫持张芹的家属，所以特意从徽州改道而出。后来就顺势改任杭州知州。不久，又回任徽州知府。明世宗嘉靖初年，张芹被晋升为浙江海道副使。最后，因担任海道副使时，对前来进贡的倭人互相争斗一事坐视不管，导致事件扩大误伤百姓，张芹因此被罢官免职。
张芹对继母非常孝顺，自己则生活俭朴，终身都只穿粗麻衣、吃粗食来过活。
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